Analysis and design of stimulus response curves of E. coli

verfasst von

Andreas Kremling, Anna Goehler, Knut Jahreis, Markus Nees, Benedikt Auerbach, Wolfgang Schmidt-Heck, Öznur Kökpinar, Robert Geffers, Ursula Rinas, Katja Bettenbrock

Abstract

Metabolism and signalling are tightly coupled in bacteria. Combining several theoretical approaches, a core model is presented that describes transcriptional and allosteric control of glycolysis in Escherichia coli. Experimental data based on microarrays, signalling components and extracellular metabolites are used to estimate kinetic parameters. A newly designed strain was used that adjusts the incoming glucose flux into the system and allows a kinetic analysis. Based on the results, prediction for intracelluar metabolite concentrations over a broad range of the growth rate could be performed and compared with data from literature.

Organisationseinheit(en)

Institut für Technische Chemie

Externe Organisation(en)

Technische Universität München (TUM)
Universität Osnabrück
Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer technischer Systeme
Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie e. V.Hans-Knöll-Institut
Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH (HZI)

Typ

Artikel

Journal

Metabolites

Band

2

Seiten

844-871

Anzahl der Seiten

28

Publikationsdatum

12.11.2012

Publikationsstatus

Veröffentlicht

Peer-reviewed

Ja

ASJC Scopus Sachgebiete

Endokrinologie, Diabetes und Stoffwechsel, Biochemie, Molekularbiologie

Ziele für nachhaltige Entwicklung

SDG 3 – Gute Gesundheit und Wohlergehen

Elektronische Version(en)

https://doi.org/10.3390/metabo2040844 (Zugang: Offen)
https://doi.org/10.15488/1554 (Zugang: Offen)